Kegiatan Ekstra Tapak Suci merupakan salah satu ekstra wajib yang ada di Pesantren Muhammadiyah Kudus. Tapak Suci merupakan organisasi otonom yang berfokus dalam ilmu seni bela diri dari organisasi Muhammadiyah. Ekstra ini wajib diikuti oleh santriwan dan santriwati kelas 7-11 Pesantren Muhammadiyah Kudus, dan dilaksanakan setiap hari selasa sore. Disini kemampuan bela diri kita mulai dilatih, dibentuk, dan dikembangkan. Tapak Suci Pesantren Muhammadiyah Kudus juga seringkali mengikuti perlombaan dan juga mendapatkan juara.