Pengajian Ta'limul Muta'allim merupakan Kegiatan wajib di Pesantren Muhammadiyah Kudus yang mempelajari tentang adab (etika) dan metode dalam menuntut ilmu, yang menekankan pada pembentukan akhlak dan moral religius bagi santri agar mendapatkan ilmu yang bermanfaat dan berkah. Pengajian Ta'limul Muta'allim ini diikuti oleh santri kelas 7-12 Pesantren Muahmmadiyah Kudus dan dilakukan setiap hari selasa sore. Tujuan utama dari pengajian ini adalah untuk membentuk kepribadian santri yang beradab dan memiliki etika yang baik dalam belajar, serta untuk meningkatkan semangat mereka dalam menuntut ilmu agar ilmu yang didapatkan tidak hanya sekadar pengetahuan, tetapi juga membawa manfaat dan keberkahan.