Kegiatan Ekstra Hizbul Wathan merupakan salah satu ekstra wajib yang ada di Pesantren Muhammadiyah Kudus. Hizbul Wathan (HW) adalah gerakan kepanduan di bawah naungan Muhammadiyah, yang didirikan oleh KH. Ahmad Dahlan pada tahun 1918. Ekstrakulikuler ini diadakan hari sabtu sore dan wqajib diikuti oleh santriwan dan santriwati kelas 7-10 sebagai anggota dan kelas 11 sebagai Dewan Kerabat Penghela. Ekstrakulikuler ini mengajarkan materi kepanduan seperti PBB, tali temali, semaphore, sandi kotak, dan masih banyak lagi. Ekstra ini bertujuan untuk menyiapkan dan membina santri agar memiliki aqidah, mental, fisik, berilmu, dan berteknologi serta berakhlakul karimah dengan terwujudnya pribadi muslim yang sebenar-benarnya dan menjadi kader persyarikatan umat dan bangsa.