Kegiatan Ekstra Panahan merupakan salah satu ekstra pilihan yang ada di Pesantren Muhammadiyah Kudus. Panahan juga termasuk salah satu olahraga yang disunnahkan oleh Nabi Muhammad SAW. Ekstra Panahan sendiri diadakan untuk mengasah bakat, mengembangkan karakter, dan melatih fokus serta koordinasi tubuh santri melalui kegiatan menembak menggunakan busur dan anak panah. Ekstrakulikuler ini mengajarkan santri teknik dasar memanah, seperti posisi berdiri dan cara memegang busur, serta mengembangkan nilai-nilai seperti kesabaran, kedisiplinan, dan kepercayaan diri. Ekstra Panahan juga bertujuan memberikan wadah bagi santri untuk menyalurkan minat dan bakat mereka pada olahraga panahan. Ekstra Panahan sendiri dilaksanakan pada hari ahad sore dengan dipandu oleh pelatih berpengalaman.